À la mort de Calvin en 1564, on compte plusieurs églises réformées dans le royaume de France et solidement implantées dans le midi. Cependant, la France n’a pas basculé dans la Réforme. En effet, depuis le Concordat de Bologne convenu en 1516 entre François Ier et le pape Léon X, la religion catholique, apostolique et romaine y est religion d’État. Aussi le protestantisme français sera toujours minoritaire et, pendant plus de deux siècles, de 1525 à 1787, sera confronté aux persécutions à l'exception de quelques accalmies durant le règne d’Henri IV.
Les remarquables progrès de la Réforme, sans aucun encouragement officiel, sont à l'origine des premières persécutions. L'Église catholique s'inquiète et pousse le roi à réagir contre l’hérésie. Quelle arme employer contre les nobles (comme Coligny), les savants (comme Ambroise Paré), les écrivains (comme Agrippa d'Aubigné), les artistes (comme Bernard Palissy) et tout un peuple gagné à la Réforme ? On n'en voit qu'une : la violence. Ceci entraîne les « guerres de religion » qui opposent les catholiques aux protestants. L’intolérance religieuse atteint son paroxysme en 1572 avec le massacre de la Saint Barthélemy. Elle touche de nombreux chefs huguenots et provoque l’exil massif de protestants à l'étranger. L’Édit de Nantes, promulgué en 1598 par le roi Henri IV, apporte un répit mais la politique de Richelieu, puis celle de Louis XIV qui révoque en 1685 l’Édit de Nantes par celui de Fontainebleau, affaiblit considérablement et durablement le protestantisme français. Pour ne pas renier leur foi, un grand nombre de Huguenots préfèrent gagner la Suisse, l'Allemagne, l'Angleterre, les Pays-Bas et apportent leurs compétences au bénéfice de leurs nouveaux pays d’accueil. L’émigration de protestants qui représentaient une élite économique et technique fut une catastrophe pour la France. Il faut toutefois reconnaître aussi que plusieurs protestants français, singulièrement les marchands et les industriels, sont restés en France sous l’apparence d’une conversion au catholicisme(1).
Malgré les pressions exercées par le pouvoir royal pour tenter d’arracher des abjurations, les protestants français ont survécu dans la clandestinité en s’installant parfois dans des régions montagneuses comme par exemple dans les Cévennes. Ils ont aussi eu recours aux armes comme l’illustre la révolte des Camisards de 1702 à 1705.
Les temps changent et les tensions religieuses retombent. Les philosophes des Lumières prêchent la tolérance, ils veulent éclairer les monarchies européennes(2), leurs messages séduisent le pouvoir. Ainsi en 1787, Louis XVI promulgue l’Édit de tolérance qui favorise le retour de beaucoup d’huguenots dans leur pays natal. Mais il faudra attendre la Constitution du 3 septembre 1791 et le décret d’application du 27 septembre qui accorde à tout homme « la liberté d’exercer le culte religieux auquel il est attaché ». Ce faisant, les protestants obtiennent l’égalité des droits et la pleine citoyenneté.