En 1852, à l’instigation de Guizot, se forma une "Société d’Histoire du Protestantisme Français" qui a pour but de conserver les souvenirs du passé protestant. Ses moyens d’action ont été la publication d’un Bulletin, et l’ouverture d’une bibliothèque.
La bibliothèque doit son origine, en 1866, et son développement continu au baron Fernand de Schickler (1835-1909). Logée d’abord Place Vendôme (21 puis 16), elle n’ouvrit au public, une fois par semaine à partir de 1869. A partir de 1880, Nathanaël Weiss, fut engagé comme bibliothécaire avec mission d'ouvrir les portes deux après-midi par semaine.
Fernand de Schickler donna à la SHPF l'immeuble du 54, rue des Saints-Pères (1885). Le bâtiment sur cour, ancien atelier de confection puis dépôt de libraire, fut alors aménagé en Musée et bibliothèque.
A partir du 1er février 1886, la Bibliothèque du protestantisme français « s'ouvrit… aux travailleurs les quatre premiers après-midi de la semaine ».
L'importante bibliothèque contient les archives nationales du protestantisme et l’amorce d’un musée du protestantisme. Elle est, avec ses 120 000 volumes et ses 20 000 manuscrits, la plus importante bibliothèque privée de France.
Elle possède un centre de généalogie très actif. Il dispose des copies des registres de l’ambassade de Suède de 1742 à 1806, pour les naissances, de 1690 à 1806 pour les mariages, et de 1744 à 1755 pour les décès.
Les registres de l’ambassade des Pays-Bas ont brûlé lors de l’incendie de l’Hôtel de Ville de Paris en 1870 mais la Société d’Histoire possède un recueil de catéchumènes de 1727 à 1731 et de 1745 à 1781. Les registres de l’église réformée de Charenton ont également été détruits en 1870 mais il y a des extraits dans la « France protestante » des Frères Haag.