5 juin 1559 : fondation de l‘Académie de Genève, pépinière de pasteurs, pour la France et l‘Europe. Parmi toutes les réalisations de Jean Calvin, celle qui lui a donné le plus de joie.
Dans les années 1560, les besoins en pasteurs devenaient impérieux : les jeunes églises en réclamaient avec instance. Parfois des dissensions internes divisaient les communautés et le peuple restait sans berger : d‘où l‘angoisse de ces appels. Des "missionnaires“ partaient de Lausanne, Berne, Neuchâtel ; puis de Genève, surtout à partir de 1557 ; en 1559 était fondée dans cette dernière ville une académie pour les former.
Environ 220 sont envoyés entre 1555 et 1562. Au début les aspirants au pastorat originaires du royaume n‘avaient guère le temps de suivre une formation complète, tant l‘urgence était grande. Ils étaient majoritativement issus des catégories moyennes, magistrature, commerce, professions intellectuelles (médecins, avocats, régents), ancien clergé catholique. Mais un pourcentage appréciable appartenait à la noblesse ( autour de 10 pour cent). Ils arrivaient clandestinement, au péril de leur vie, sous des noms d‘emprunt, ayant souvent fait leur testament avant de partir. Parfois, la communauté dans laquelle ils étaient envoyés ne les acceptait pas ; mais dans l‘ensemble, les hommes
envoyés étaient instruits et compétents ,et les églises les accueillaient avec soulagement. Genève surveillait d‘un œil vigilant leur moralité et leur doctrine.
Ces premiers pasteurs avaient une vie parfois difficile ; le logement que l‘église devait leur fournir était souvent petit et inconfortable, et leur traitement n‘était pas régulièrement payé. Dans les années 1560 il est de 120 livres par an pour les célibataires, 150 livres pour les mariés sans enfants et 200 livres pour les chargés de famille.