Dans l’esprit de la charte de fondation du CNEF, ses membres s’engagent à mettre en œuvre les principes déontologiques suivants :
I Au niveau national
1. Le C.N.E.F. se veut particulièrement attentif au développement, entre ses membres, de relations de qualité, respectueuses de l’identité de chacun. Tout en conservant la liberté de ne pas souscrire aux particularismes de chacun, ses membres sont en accord sur l’essentiel de la foi, tel qu'il est exprimé dans la déclaration de foi figurant en annexe.
2. Les membres s’efforcent de se tenir informés de leurs projets en veillant au respect de ce qui est entrepris par d’autres pour le témoignage de l’Évangile dans un lieu donné.
3. Les membres du C.N.E.F. veillent à ne pas condamner ceux qui parmi eux entretiennent des relations et collaborent avec d’autres partenaires chrétiens, tout en gardant la possibilité de s’interpeller fraternellement sur leurs choix respectifs.
4. Le C.N.E.F. privilégie la concertation et la collaboration, tout en veillant au respect des initiatives de chaque membre, notamment en ce qui concerne l'implantation d'églises.
II Au niveau régional et local
1. Les membres du C.N.E.F. s’efforcent de manifester de façon concrète l’unité qui est donnée en Christ en tissant des liens fraternels les uns avec les autres.
2. Ils gardent une attitude de respect et d’ouverture à l’égard de ceux avec lesquels une collaboration est limitée pour des raisons théologiques, historiques ou de pratiques. Ils veillent à éviter la polémique sur des points de divergence et s’appliquent à manifester positivement toute la communion possible.
3. Ils encouragent les projets et actions élaborés par le C.N.E.F. et autant que possible par certains de ses membres.
4. De manière générale, les Églises sont encouragées à traduire au plan local le souci qui prévaut à l'échelon national d’accorder le plus grand soin à la qualité de leurs relations mutuelles.
III À tous les niveaux : national, régional, local et individuel
1. Les membres du C.N.E.F. entretiennent entre eux une attitude fraternelle et bienveillante, dépourvue de tout esprit de concurrence, de dénigrement ou de supériorité. Les pasteurs et les responsables s’engagent à communiquer cette vision et à essayer de la vivre avec tous les membres de leur communauté.
2. Les membres du C.N.E.F. s’interdisent de répandre des rumeurs ou des propos malveillants.
Ils s’emploient au contraire à cultiver un esprit fraternel.
3. Tout en exhortant leurs membres à ne pas changer de communauté, les pasteurs ou responsables respectent leur liberté et les accompagnent pour que tout soit fait dans la concertation et la lumière.
4. Parce qu’ils se reconnaissent membres à part entière du Corps de Christ, les membres du C.N.E.F. s’interdisent d’attirer les membres d’une autre communauté.
Ainsi les membres du CNEF veulent par leur comportement et leurs relations favoriser l’avancement du règne de Dieu et accomplir leur vocation qui est de servir et de rendre témoignage au même Sauveur et Seigneur Jésus-Christ, en comptant sur sa seule grâce.